软件介绍

ImageJ是一款专业级别的图形分析工具，具有非常强大的对比功能，可以对各种显微镜下照片进行分析以及数据统计，在生物及医学图像分析中起到非常重要的作用，当然只要需要图像分析的领域，这款软件都能发挥作用，欢迎网友前来下载使用。

软件特色

1、可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus等多种平台。

2、ImageJ官方免费版能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片。

3、支持绝大部分图片格式，包括TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。

4、ImageJ支持图像栈功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。

5、ImageJ可以进行丰富的基本图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外等。

6、能进行图片的区域和像素统计， 间距角度计算， 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。

7、ImageJ是一个开放结构的软件，基于java的公共的图像处理软件， 支持用户自定义插件和宏。

8、自带编辑器， 并且导入了java的编译器，实现了简单的IDE功能，用户可直接进行图像处理。

使用方法

使用Multi-Point工具进行计数

打开ImageJ软件，File，Open打开待分析图片：

点击point工具，右击，选择Multi-Point工具，手动点击进行计数：

点击Analyze–>Measure，可以看见此时计数数量为23个，保存图片即可。

Cell Counter进行细胞计数

点击Plugins–>Analyze–>Cell Counter，界面如下：

点击Initialize，可以对不同类型的细胞进行计数：

可以看见Type1、Type2、Type3计数结果分别为2、1、2个。本方法可以同时对不同类型的细胞进行计数。点击Cell Counter中的Results就可以看见不同类型细胞的数量。Cell Counter与Multi-Point手动计数方法相比可对不同细胞类型计数。

常规自动计数过程

打开ImageJ软件，File –>Open打开需要分析的图片：

Image –> Type -> 8-bit (改为灰度图像)

Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值，红色代表选中，使所有细胞核均被选中，Dapi图中阈值为11-255 –> Apply

注：荧光图片背景为黑色，需要勾选下面的Dark background，表示背景为黑色

Apply以后图片为：

对于豆子图片，阈值范围为37-255->Apply

Apply后得到图片为：

从上面Apply后的图片可以看到很多细胞连在一起，细胞计数时需要将其分开。

Process -> Binary -> watershed (分水岭分割方法，将连在一起的细胞分开)

得到分割效果如下：

安装方法

1、首先等待ImageJ软件官方下载完成

2、使用压缩软件解压文件

3、双击运行“ImageJ.exe”开始安装

4、自定义安装目录后等待安装完成后即可注册登录使用